弃开拓之脑一职，继续作为宝可梦训练家踏上旅程。但是小智依旧有成为开拓之脑的特权。

小智来到神奥地区，小智与小光和小刚结伴同行。并在铃兰大会晋级前四强。尽管失利，小智仍是大会中让达克多拿出第二只宝可梦的训练家。

小智在合众地区继续他的修行。小智同艾莉丝和天桐一起旅行。参加了桧垣大会晋级八强。小智再度启程前往卡洛斯地区，和希特隆、柚丽嘉和儿时的旧识莎莉娜踏上新的旅程。小智参加了密阿雷大会并获得亚军。

小智在阿罗拉地区体验校园生活，与莉莉艾、卡奇、玛奥、水莲、马玛内一起学习，居住在库库伊博士的家中。完成了全部诸岛巡礼并参加了玛纳罗大会首次获得联盟冠军，亦是阿罗拉联盟初代冠军。后在特别表演赛上打败了皇家巨蛋的王者皇家蒙面人-库库伊博士。小智作为樱木研究所的调查研究员，看了渡和丹帝的比赛后决定参加宝可梦世界锦标赛。最终过关斩将，取得冠军。在宝可梦！很高兴与你相遇！至小智与小豪！踏上新的旅途

中，小智和小豪、小春来到以前小春和樱木所长一起来的森林里露营，但是由于误解，小智和小豪之间的友情遇到了一些问题。

在小春的开导下，小智最后和小豪解除了误会。洛奇亚出现后，小智和小豪向洛奇亚发出了团体战，小智的皮卡丘、路卡利欧，以及小豪的敲音猴、闪焰王牌和千面避役，一起挑战洛奇亚。尽管大家配合默契，无奈洛奇亚实力太过强大，之后小豪试图收服洛奇亚，但是没能成功，大家反而差点被洛奇亚的气旋攻击吹下悬崖，最后被洛奇亚所救，战斗中断。不久后，小智卸任樱木研究所特别调查员身份，和小豪、小春道别，之后和皮卡丘一起踏上了新的旅程，期间与巴大蝶重逢，以及派出路卡利欧和路人训练家的拉普拉斯对战。

之后在启程之风！无尽的道路!!至小智与拉帝欧斯！，小智和皮卡丘在旅途中又经历了不少事情：在森林中救下受伤的拉帝亚斯；和以前的伙伴小霞争夺铁臂枪虾；和天桐一起将小刚从布莉姆温施放的幻象中解救出来并化解了误会；和杰尼龟消防队一起扑灭了仓库街的大火，救出被困的宝可梦；和拉普拉斯等宝可梦一起救出被卡在洞穴中的吼吼鲸；帮助诅咒娃娃找回它曾经的训练家；摧毁火箭队三人组全员集结捕捉皮卡丘的计划；帮助拉帝亚斯救出拉帝欧斯，打败宝可梦猎人。

在彩虹和宝可梦大师！中，回到真新镇的小智在帮助大木博士寻找走失的小火龙时和小茂重逢，面对小茂所问的“成为冠军之后距离宝可梦大师